隨著脫硫除塵技術的不斷提升，國內超低排放脫硫除塵設備市場也在逐步擴大，但是隨著市場的擴展，也呈現出了很多的問題，其中主要包括以下三點：
1、缺乏資金投入：超低排放脫硫除塵設備的應用好壞，很大程度上依靠設備、場地等方面的支持，對于脫硫除塵設備應用時，應選用符合自身技術需求的相關配套設備，并且提供合適的廠房。目前我國企業在生產過程中將資金主要投入到生產方面，而對于煙氣處理方面的投入較少，造成燃煤鍋爐煙氣脫硫技術不能很好的發揮處理效果。
2、缺乏技術創新：隨著科學技術的不斷進步，電力能源和其他可再生的資源在人們生產生活中利用的比例越來越高，在歐美等發達國家，中小型燃煤鍋爐已禁止使用。我國對于大氣污染問題上的認識的較晚，相應的治理技術和設備也與發達國家存在一定的差距。因此，對于超低排放脫硫除塵設備技術的創新和研發，還需進一步努力。
3、脫硫效率低，除塵效果差：以目前我國數量較多的中小燃煤鍋爐為例，大多數的中小燃煤鍋爐煙氣處理分為三個階段：
(1)是燃燒前的處理階段。就是在煤炭進行燃燒前，先對煤炭進行脫硫處理，以降低燃燒時排放的硫化物量。但我國目前的燃煤脫硫技術還存在一定的問題，受到應用條件和其他因素的***，高效的脫硫技術不能很好的普及，造成大多數企業在燃煤事前處理階段的效果不理想。
(2)是燃燒過程中的處理階段。煤炭的燃燒過程會產生大量的煙氣，煙氣中含有大量的粉塵和硫化物等污染物。因此，超低排放脫硫除塵設備脫出硫化物和煙塵的較好地階段就是燃燒過程。但是燃燒過程中去除硫和煙塵是十分復雜的，目前我國中小型燃煤鍋爐脫硫率僅在50%左右，多數不符合國家的標準。
(3)是燃燒后的處理階段。燃燒完成后河南脫硫除塵設備通過對煙氣的處理來去除煙氣中的硫和煙塵，但受技術、設備和操作等因素的制約，我國目前的燃煤鍋爐的企業在這方面做的并不好。
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